INTERPOLAR

Installationsanleitung bzw. Anleitung zur Einrichtung der CDS tool chain

1. Checkout des INTERPOLAR Repositories, z.B. mit einem dieser Befehle:
   git clone git@github.com:medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
git clone https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
2. Wechsel in das geclonte Verzeichnis
   cd INTERPOLAR
3. Optionaler Schritt: Wenn Sie die aktuellste Entwickler-Version ausprobieren möchten, checken Sie den Branch ‘release’ aus. Ansonsten überspringen Sie diesen Schritt.
   git checkout release
4. Konfigurationsdateien aus den Vorlagen (Templates) erstellen
   • Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password nach Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password kopieren und ein Passwort-String einfügen. Dieses Passwort ist für den Admin-Nutzer der CDS_HUB-Datenbank.
     cp Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password
   • REDCap-db/template_env_redcap_db.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db.password und tragen Sie ein Passwort für den Nutzer der redcap Datenbank ein
     cp REDCap-db/template_env_redcap_db.password REDCap-db/.env_redcap_db.password
   • REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db_root.password und tragen Sie ein Passwort für den root-Nutzer der Datenbank ein
     cp REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password REDCap-db/.env_redcap_db_root.password
5. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/Readme.md aus
6. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/html/Readme.md aus
7. Nehmen Sie Anpassungen in der docker-compose.yml vor, falls erforderlich, z.B. um self-signed Zertifikate einzubinden. Führen Sie anschließend docker-compose aus, falls Sie es noch nicht ausgeführt haben:
   docker-compose up
   Falls Sie Änderungen z.B. an Dockerfiles oder am R Code vorgenommen haben, nutzen Sie bitte den ‘–build’ Parameter, um die erneute Erstellung der Docker Images zu erzwingen. Der Build-Vorgang kann mehrere Minuten in Anspruch nehmen.:
   docker-compose up --build
8. Bei einer Neuinstallation der CDS Tool Chain, also falls kein Upgrade einer bestehenden CDS Tool Chain Installation gemacht wird, erfolgt die Initialisierung der cds_hub Datenbank seit Version v1.2.0 nicht mehr automatisch, sondern manuell über den folgenden Befehl:

   cat $(find Postgres-cds_hub/init -maxdepth 1 -name '*.sql' | sort) | docker compose exec -T cds_hub psql -U cds_hub_db_admin -d cds_hub_db
   

   Bei einem Upgrade der CDS Tool Chain ist in der Regel einer Aktualisierung der Datenbank (Migration) erforderlich, welche über den folgenden Befehl aufgerufen wird:

   docker compose exec -w /cds_hub-initdb.d cds_hub psql -U cds_hub_db_admin -d cds_hub_db -f ./migration/migration.sql
   

9. Die cds_hub_db (Postges-Datenbank) erreichen Sie im Browser (PGAdmin) über die URL: http://127.0.0.1:8089/
   • Die Zugangsdaten für pgadmin entnehmen Sie bitte der docker-compose.yml (services -> pgadmin) bzw. können Sie diese dort anpassen.
   • ggf. muss im pgadmin die Verbindung zur cds_hub_db mit den Zugangsdaten aus der docker-compose.yml (services -> cds_hub: POSTGRES_USER, POSTGRES_DB) bzw. der Passwort-Datei (secrets -> cds_hub_db_admin.password, Postgres-cds_ub/.env_cds_hub_db_admin.password) angelegt werden. Weitere Informationen siehe Postgres-cds_hub/Readme.md
10. Das Frontend (REDCap) erreichen Sie im Browser über die URL: http://127.0.0.1:8082/redcap

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