INTERPOLAR

Installationsanleitung bzw. Anleitung zur Einrichtung der CDS tool chain

1. Checkout des INTERPOLAR Repositories, z.B. mit einem dieser Befehle:
   git clone git@github.com:medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
git clone https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
2. Wechsel in das geclonte Verzeichnis
   cd INTERPOLAR
3. Optionaler Schritt: Wenn Sie die aktuellste Entwickler-Version ausprobieren möchten, checken Sie den Branch ‘release’ aus. Ansonsten überspringen Sie diesen Schritt.
   git checkout release
4. Konfigurationsdateien aus den Vorlagen (Templates) erstellen
   • Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password nach Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password kopieren und ein Passwort-String einfügen. Dieses Passwort ist für den Admin-Nutzer der CDS_HUB-Datenbank.
     cp Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password
   • REDCap-db/template_env_redcap_db.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db.password und tragen Sie ein Passwort für den Nutzer der redcap Datenbank ein
     cp REDCap-db/template_env_redcap_db.password REDCap-db/.env_redcap_db.password
   • REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db_root.password und tragen Sie ein Passwort für den root-Nutzer der Datenbank ein
     cp REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password REDCap-db/.env_redcap_db_root.password
5. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/Readme.md aus
6. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/html/Readme.md aus
7. Nehmen Sie Anpassungen in der docker-compose.yml vor, falls erforderlich, z.B. um self-signed Zertifikate einzubinden. Führen Sie anschließend Docker Compose aus, falls Sie es noch nicht ausgeführt haben:
   docker compose up
   Die CDS_HUB-Datenbank verwendet die versionierten SQL-Skripte unter Postgres-cds_hub/sql/. Falls Sie Änderungen z.B. an Dockerfiles oder am R-Code vorgenommen haben, nutzen Sie bitte den --build Parameter, um die erneute Erstellung der Docker Images zu erzwingen. Der Build-Vorgang kann mehrere Minuten in Anspruch nehmen:
   docker compose up --build
8. Datenbank einrichten (Neuinstallation) oder anpassen (Migration). Dieser Schritt muss manuell über den folgenden Befehl erfolgen:

   docker compose exec -w /cds_hub-initdb.d cds_hub psql -U cds_hub_db_admin -d cds_hub_db -f ./start.sql
   

9. Die cds_hub_db (Postges-Datenbank) erreichen Sie im Browser (PGAdmin) über die URL: http://127.0.0.1:8089/, wenn der optionale Compose-Profile-Service pgadmin gestartet wurde, z.B. mit docker compose --profile pgadmin up.
   • Die Zugangsdaten für pgadmin entnehmen Sie bitte der docker-compose.yml (services -> pgadmin) bzw. können Sie diese dort anpassen.
   • ggf. muss im pgadmin die Verbindung zur cds_hub_db mit den Zugangsdaten aus der docker-compose.yml (services -> cds_hub: POSTGRES_USER, POSTGRES_DB) bzw. der Passwort-Datei (secrets -> cds_hub_db_admin.password, Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password) angelegt werden. Weitere Informationen siehe Postgres-cds_hub/Readme.md
10. Das Frontend (REDCap) erreichen Sie im Browser über die URL: http://127.0.0.1:8082/redcap

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