Generell ist das Modul “dataprocessor” dazu gedacht, Daten zu transformieren und für eine Ausgabe im Frontend oder für eine Ausleitung zur Verfügung zu stellen.
In Version 0.2.x nutzt es die im Modul “cds2db” typisierten Daten aus der Postgres-Datenbank, um Tabellen mit relevanten Patienten und Fallinformationen zu erstellen. Diese werden auch zurück in die Postgres-Datenbank geschrieben und anschließend über das Modul “db2frontend” dem Frontend zur Verfügung gestellt.
Der Data Processor kann über die Datei dataprocessor_config.toml konfiguriert werden. Alle Parameter sind in der Datei durch Kommentare beschrieben.
Im Abschnitt “analyse” in der toml-Datei können die auf dem FHIR-Server verfügbaren Codes und Codesysteme für Körpergröße, -gewicht und BMI eingestellt werden. Es werden nur Observationen gefunden, die genau diese Codes enthalten.
Im Abschnitt “debug” kann manuell einen spezifischen Analyse Zeitstempel gesetzt werden. Weitere Informationen stehen direkt in diesem Abschnitt in der toml-Datei.
Das R-Skript StartDataProcessor.R startet den Data Processor.
docker compose run --rm --no-deps r-env Rscript R-dataprocessor/StartDataProcessor.R