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ExampleScenario: NLP-Pipeline „Amanda Alzheimer“

Offizielle URL: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/ExampleScenario/NlpPipelineAmandaAlzheimer Version: 2027.0.0-ballot.2
Draft Stand: 2026-09-14 Maschinenlesbarer Name: NlpPipelineAmandaAlzheimer

Das Szenario beschreibt die NLP-Verarbeitungskette des Beispiels „Amanda Alzheimer“; die Beispielinstanzen selbst, das Ablaufdiagramm und die Erläuterung der relatesTo-Beziehungen stehen auf der Seite Beispiele.

Akteure

NameTypeDescription
Dokumentenquelle System

System oder Bestand, aus dem die zu verarbeitenden Dokumente stammen — im Beispiel der synthetische Korpus GraSCCo (Graz Synthetic Clinical text Corpus, DOI 10.5281/zenodo.6539130), aus dem der Entlassbrief Amanda_Alzheimer.docx stammt; in der Praxis etwa ein Dokumentenarchiv oder Dokumentenmanagementsystem, ein Krankenhausinformationssystem, eine Forschungsdatenbank oder ein Dateispeicher.

NLP-Pipeline / Annotationsframework System

Werkzeugkette, die die Verarbeitungsschritte teil- oder vollautomatisch ausführt — Klartext-Extraktion, automatische Vorannotation identifizierender Angaben, Ersetzung durch typkonforme Surrogate, semantische Annotation (z. B. Annotationsplattform INCEpTION mit vorgeschalteter NLP-Komponente, vgl. die De-Identifikations-Pipeline des GeMTeX-Projekts) — und für jedes Ergebnisdokument eine Dokumentreferenz erzeugt.

Annotierende Person

Fachpersonen, die die automatische Vorannotation prüfen und korrigieren (Kuratierung der De-Identifikation) und die semantische Annotation im Annotationsframework vornehmen.

Dokumentenrepository (FHIR) System

FHIR-Server, der die Dokumentreferenzen aller Verarbeitungsstufen mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und relatesTo-Verknüpfungen ablegt. Das Repository führt keine Transformation aus; es dokumentiert die Ergebnisse der Pipeline.

Diagramm

NlpPipelineAmandaAlzheimerNlpPipelineAmandaAlzheimer...a_source.System oder Bestand. aus dem die zu verarbeitenden Dokumente stammen . im Beispiel der synthetische Korpus GraSCCo .Graz Synthetic Clinical text Corpus. DOI 10.5281.zenodo.6539130.. aus dem der Entlassbrief .Amanda_Alzheimer.docx. stammt. in der Praxis etwa ein Dokumentenarchiv oder Dokumentenmanagementsystem. ein Krankenhausinformationssystem. eine Forschungsdatenbank oder ein Dateispeicher.. Dokumentenquelle.....a_nlp.Werkzeugkette. die die Verarbeitungsschritte teil- oder vollautomatisch ausf.hrt . Klartext-Extraktion. automatische Vorannotation identifizierender Angaben. Ersetzung durch typkonforme Surrogate. semantische Annotation .z. B. Annotationsplattform INCEpTION mit vorgeschalteter NLP-Komponente. vgl. die De-Identifikations-Pipeline des GeMTeX-Projekts. . und f.r jedes Ergebnisdokument eine Dokumentreferenz erzeugt.. NLP-Pipeline . Annotationsframework.....a_annotators.Fachpersonen. die die automatische Vorannotation pr.fen und korrigieren .Kuratierung der De-Identifikation. und die semantische Annotation im Annotationsframework vornehmen.. Annotierende.....a_repo.FHIR-Server. der die Dokumentreferenzen aller Verarbeitungsstufen mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und .relatesTo.-Verkn.pfungen ablegt. Das Repository f.hrt keine Transformation aus. es dokumentiert die Ergebnisse der Pipeline.. Dokumentenrepository .FHIR...DokumentenquelleDokumentenquelleNLP-Pipeline / AnnotationsframeworkNLP-Pipeline / AnnotationsframeworkAnnotierendeAnnotierendeDokumentenrepository (FHIR)Dokumentenrepository (FHIR)NLP-Verarbeitung eines EntlassbriefsdetailsOriginaldokument übernehmen(payload)Original dokumentieren(payload)Klartext-Extraktion(payload)Klartext dokumentieren(payload)De-Identifikation mit Prüfung(payload)De-identifiziertes Dokument dokumentieren(payload)Semantische Annotation(payload)Annotiertes Dokument dokumentieren(payload)

Prozesse

Process: NLP-Verarbeitung eines Entlassbriefs

Vier Verarbeitungsschritte der NLP-Pipeline (teil- oder vollautomatisch, mit Prüfung durch Annotierende); die FHIR-DocumentReference-Ressourcen dokumentieren nur die Ergebnisse dieser Schritte, kumulieren den NLP-Verarbeitungsstatus und verknüpfen die Ergebnisdokumente über relatesTo. Das Dokumentenrepository transformiert nichts — es speichert die Dokumentreferenzen.

Pre-conditions:

Der Entlassbrief Amanda_Alzheimer.docx liegt in der Dokumentenquelle vor; Patientin und Einrichtungskontakt sind als FHIR-Ressourcen vorhanden.

Post-conditions:

Vier Dokumentreferenzen (Original, Klartext, de-identifiziert, annotiert) mit relatesTo-Kette und NLP-Verarbeitungsstatus liegen im Repository; die Ergebnisdokumente selbst liegen als Anhang oder Verweis in der jeweiligen Dokumentreferenz.

StepNameDescriptionInitiatorReceiverRequestResponse
1 Originaldokument übernehmen - Ingestion (Details: FHIR Restful Interactions code Ingestion)

Die Pipeline übernimmt das Originaldokument Amanda_Alzheimer.docx aus der Dokumentenquelle.

 Dokumentenquelle NLP-Pipeline / Annotationsframework Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
2 Original dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz auf das Original mit NLP-Verarbeitungsstatus unprocessed.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
3 Klartext-Extraktion - Preprocessing (Details: FHIR Restful Interactions code Preprocessing)

Automatische Umwandlung in Klartext (Amanda_Alzheimer.txt).

 NLP-Pipeline / Annotationsframework NLP-Pipeline / Annotationsframework Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
4 Klartext dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status preprocessed, format-change, relatesTo.transforms → Original.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt)
5 De-Identifikation mit Prüfung - De-Identification (Details: FHIR Restful Interactions code De-Identification)

Automatische Vorannotation identifizierender Angaben, manuelle Kuratierung durch die Annotierenden, danach automatische Ersetzung durch typkonforme Surrogate (De-ID.txt).

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Annotierende Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt)
6 De-identifiziertes Dokument dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status preprocessed, format-change, surrogated, relatesTo.transforms → Klartext-Dokument.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt)
7 Semantische Annotation - Annotation (Details: FHIR Restful Interactions code Annotation)

Semantische Annotation der klinischen Inhalte im Annotationsframework durch die Annotierenden; die Ergebnisdateien werden als Annotat.zip zusammengefasst.

 Annotierende NLP-Pipeline / Annotationsframework De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt)
8 Annotiertes Dokument dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status annotated, semantic, surrogated, preprocessed, format-change, relatesTo.appends → de-identifiziertes Dokument.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Annotiertes Dokument (Annotat.zip)

Instanzen

NameTypeContentDescription
Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx) DocumentReference here

Ausgangspunkt der Kette: Amanda_Alzheimer.docx (application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document, attachment.creation 2028-02-06). NLP-Verarbeitungsstatus unprocessed; kein relatesTo. Verweist auf die Patientin (subject) und den Einrichtungskontakt (context.encounter).

Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt) DocumentReference here

Ergebnis der Klartext-Extraktion: Amanda_Alzheimer.txt (text/plain, attachment.creation 2028-02-06). Status preprocessed, format-change; relatesTo.transforms → Originaldokument. Verweist weiterhin auf die Patientin und den Einrichtungskontakt.

De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt) DocumentReference here

Ergebnis der De-Identifikation: De-ID.txt (text/plain). Status preprocessed, format-change, surrogated; relatesTo.transforms → Klartext-Dokument. Ohne subject und ohne context.encounter — die identifizierenden Angaben sind durch Surrogate ersetzt, das Ergebnisdokument ist keinem Patientenkontext mehr zugeordnet.

Annotiertes Dokument (Annotat.zip) DocumentReference here

Ergebnis der semantischen Annotation: Annotat.zip (application/zip). Status annotated, semantic, surrogated, preprocessed, format-change; relatesTo.appends → de-identifiziertes Dokument, da die Annotationen das Dokument ergänzen und nicht ersetzen. Ebenfalls ohne subject und context.encounter.

Patientin Amanda Alzheimer Patient here

Synthetische Patientin; subject des Original- und des Klartext-Dokuments. Ab der De-Identifikation wird sie nicht mehr referenziert.

Einrichtungskontakt Encounter here

context.encounter des Original- und des Klartext-Dokuments und oberster Kontakt der Kontakthierarchie (ohne partOf).

Abteilungskontakt Encounter here

Mittlere Ebene der Kontakthierarchie (partOf → Einrichtungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.

Versorgungsstellenkontakt Encounter here

Unterste Ebene der Kontakthierarchie (partOf → Abteilungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.