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ExampleScenario: NLP-Pipeline „Amanda Alzheimer“

Official URL: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/ExampleScenario/NlpPipelineAmandaAlzheimer Version: 2027.0.0-ballot.2
Draft as of 2026-09-14 Computable Name: NlpPipelineAmandaAlzheimer

The scenario describes the NLP processing chain of the "Amanda Alzheimer" example; the example instances, the flow diagram and the explanation of the relatesTo relationships are on the Examples page.

Actors

NameTypeDescription
Dokumentenquelle System

System oder Bestand, aus dem die zu verarbeitenden Dokumente stammen — im Beispiel der synthetische Korpus GraSCCo (Graz Synthetic Clinical text Corpus, DOI 10.5281/zenodo.6539130), aus dem der Entlassbrief Amanda_Alzheimer.docx stammt; in der Praxis etwa ein Dokumentenarchiv oder Dokumentenmanagementsystem, ein Krankenhausinformationssystem, eine Forschungsdatenbank oder ein Dateispeicher.

NLP-Pipeline / Annotationsframework System

Werkzeugkette, die die Verarbeitungsschritte teil- oder vollautomatisch ausführt — Klartext-Extraktion, automatische Vorannotation identifizierender Angaben, Ersetzung durch typkonforme Surrogate, semantische Annotation (z. B. Annotationsplattform INCEpTION mit vorgeschalteter NLP-Komponente, vgl. die De-Identifikations-Pipeline des GeMTeX-Projekts) — und für jedes Ergebnisdokument eine Dokumentreferenz erzeugt.

Annotierende Person

Fachpersonen, die die automatische Vorannotation prüfen und korrigieren (Kuratierung der De-Identifikation) und die semantische Annotation im Annotationsframework vornehmen.

Dokumentenrepository (FHIR) System

FHIR-Server, der die Dokumentreferenzen aller Verarbeitungsstufen mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und relatesTo-Verknüpfungen ablegt. Das Repository führt keine Transformation aus; es dokumentiert die Ergebnisse der Pipeline.

Diagram

NlpPipelineAmandaAlzheimerNlpPipelineAmandaAlzheimer...a_source.System oder Bestand. aus dem die zu verarbeitenden Dokumente stammen . im Beispiel der synthetische Korpus GraSCCo .Graz Synthetic Clinical text Corpus. DOI 10.5281.zenodo.6539130.. aus dem der Entlassbrief .Amanda_Alzheimer.docx. stammt. in der Praxis etwa ein Dokumentenarchiv oder Dokumentenmanagementsystem. ein Krankenhausinformationssystem. eine Forschungsdatenbank oder ein Dateispeicher.. Dokumentenquelle.....a_nlp.Werkzeugkette. die die Verarbeitungsschritte teil- oder vollautomatisch ausf.hrt . Klartext-Extraktion. automatische Vorannotation identifizierender Angaben. Ersetzung durch typkonforme Surrogate. semantische Annotation .z. B. Annotationsplattform INCEpTION mit vorgeschalteter NLP-Komponente. vgl. die De-Identifikations-Pipeline des GeMTeX-Projekts. . und f.r jedes Ergebnisdokument eine Dokumentreferenz erzeugt.. NLP-Pipeline . Annotationsframework.....a_annotators.Fachpersonen. die die automatische Vorannotation pr.fen und korrigieren .Kuratierung der De-Identifikation. und die semantische Annotation im Annotationsframework vornehmen.. Annotierende.....a_repo.FHIR-Server. der die Dokumentreferenzen aller Verarbeitungsstufen mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und .relatesTo.-Verkn.pfungen ablegt. Das Repository f.hrt keine Transformation aus. es dokumentiert die Ergebnisse der Pipeline.. Dokumentenrepository .FHIR...DokumentenquelleDokumentenquelleNLP-Pipeline / AnnotationsframeworkNLP-Pipeline / AnnotationsframeworkAnnotierendeAnnotierendeDokumentenrepository (FHIR)Dokumentenrepository (FHIR)NLP-Verarbeitung eines EntlassbriefsdetailsOriginaldokument übernehmen(payload)Original dokumentieren(payload)Klartext-Extraktion(payload)Klartext dokumentieren(payload)De-Identifikation mit Prüfung(payload)De-identifiziertes Dokument dokumentieren(payload)Semantische Annotation(payload)Annotiertes Dokument dokumentieren(payload)

Processes

Process: NLP-Verarbeitung eines Entlassbriefs

Vier Verarbeitungsschritte der NLP-Pipeline (teil- oder vollautomatisch, mit Prüfung durch Annotierende); die FHIR-DocumentReference-Ressourcen dokumentieren nur die Ergebnisse dieser Schritte, kumulieren den NLP-Verarbeitungsstatus und verknüpfen die Ergebnisdokumente über relatesTo. Das Dokumentenrepository transformiert nichts — es speichert die Dokumentreferenzen.

Pre-conditions:

Der Entlassbrief Amanda_Alzheimer.docx liegt in der Dokumentenquelle vor; Patientin und Einrichtungskontakt sind als FHIR-Ressourcen vorhanden.

Post-conditions:

Vier Dokumentreferenzen (Original, Klartext, de-identifiziert, annotiert) mit relatesTo-Kette und NLP-Verarbeitungsstatus liegen im Repository; die Ergebnisdokumente selbst liegen als Anhang oder Verweis in der jeweiligen Dokumentreferenz.

StepNameDescriptionInitiatorReceiverRequestResponse
1 Originaldokument übernehmen - Ingestion (Details: FHIR Restful Interactions code Ingestion)

Die Pipeline übernimmt das Originaldokument Amanda_Alzheimer.docx aus der Dokumentenquelle.

 Dokumentenquelle NLP-Pipeline / Annotationsframework Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
2 Original dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz auf das Original mit NLP-Verarbeitungsstatus unprocessed.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
3 Klartext-Extraktion - Preprocessing (Details: FHIR Restful Interactions code Preprocessing)

Automatische Umwandlung in Klartext (Amanda_Alzheimer.txt).

 NLP-Pipeline / Annotationsframework NLP-Pipeline / Annotationsframework Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)
4 Klartext dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status preprocessed, format-change, relatesTo.transforms → Original.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt)
5 De-Identifikation mit Prüfung - De-Identification (Details: FHIR Restful Interactions code De-Identification)

Automatische Vorannotation identifizierender Angaben, manuelle Kuratierung durch die Annotierenden, danach automatische Ersetzung durch typkonforme Surrogate (De-ID.txt).

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Annotierende Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt)
6 De-identifiziertes Dokument dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status preprocessed, format-change, surrogated, relatesTo.transforms → Klartext-Dokument.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt)
7 Semantische Annotation - Annotation (Details: FHIR Restful Interactions code Annotation)

Semantische Annotation der klinischen Inhalte im Annotationsframework durch die Annotierenden; die Ergebnisdateien werden als Annotat.zip zusammengefasst.

 Annotierende NLP-Pipeline / Annotationsframework De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt)
8 Annotiertes Dokument dokumentieren - Dokumentreferenz ablegen (Details: FHIR Restful Interactions code Dokumentreferenz ablegen)

Dokumentreferenz mit Status annotated, semantic, surrogated, preprocessed, format-change, relatesTo.appends → de-identifiziertes Dokument.

 NLP-Pipeline / Annotationsframework Dokumentenrepository (FHIR) Annotiertes Dokument (Annotat.zip)

Instances

NameTypeContentDescription
Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx) DocumentReference here

Ausgangspunkt der Kette: Amanda_Alzheimer.docx (application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document, attachment.creation 2028-02-06). NLP-Verarbeitungsstatus unprocessed; kein relatesTo. Verweist auf die Patientin (subject) und den Einrichtungskontakt (context.encounter).

Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt) DocumentReference here

Ergebnis der Klartext-Extraktion: Amanda_Alzheimer.txt (text/plain, attachment.creation 2028-02-06). Status preprocessed, format-change; relatesTo.transforms → Originaldokument. Verweist weiterhin auf die Patientin und den Einrichtungskontakt.

De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt) DocumentReference here

Ergebnis der De-Identifikation: De-ID.txt (text/plain). Status preprocessed, format-change, surrogated; relatesTo.transforms → Klartext-Dokument. Ohne subject und ohne context.encounter — die identifizierenden Angaben sind durch Surrogate ersetzt, das Ergebnisdokument ist keinem Patientenkontext mehr zugeordnet.

Annotiertes Dokument (Annotat.zip) DocumentReference here

Ergebnis der semantischen Annotation: Annotat.zip (application/zip). Status annotated, semantic, surrogated, preprocessed, format-change; relatesTo.appends → de-identifiziertes Dokument, da die Annotationen das Dokument ergänzen und nicht ersetzen. Ebenfalls ohne subject und context.encounter.

Patientin Amanda Alzheimer Patient here

Synthetische Patientin; subject des Original- und des Klartext-Dokuments. Ab der De-Identifikation wird sie nicht mehr referenziert.

Einrichtungskontakt Encounter here

context.encounter des Original- und des Klartext-Dokuments und oberster Kontakt der Kontakthierarchie (ohne partOf).

Abteilungskontakt Encounter here

Mittlere Ebene der Kontakthierarchie (partOf → Einrichtungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.

Versorgungsstellenkontakt Encounter here

Unterste Ebene der Kontakthierarchie (partOf → Abteilungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.