MII IG Kerndatensatz-Modul Molekulargenetischer Befundbericht - Downloaded Version 2027.0.0-ballot.1 See the Directory of published versions

Profile

Diese Seite listet die FHIR-Profile des Moduls Molekulargenetischer Befundbericht (Namenskonvention MII_PR_<Modul>_<Name>, siehe docs/recipes/add-a-profile.md in diesem Repository sowie die MII-Namenskonventionen). Die Extensions des Moduls stehen auf der Seite Extensions.

Profil-Vererbungshierarchie

FHIR Profile

Hinweise zur Verwendung der Elemente im Rahmen der Befundung von Varianten finden sich im Profil Genomics Report aus HL7 Genomics Reporting Implementation Guide.

Die folgende Tabelle zeigt die Vererbungsbeziehungen der Profile in diesem Modul:

Profile basierend auf Clinical Genomics STU3

Profilname	Parent-Profil (STU3)	Beschreibung
MII_PR_MolGen_MolekulargenetischerBefundbericht	genomic-report	Hauptbefundbericht für genetische Analysen
MII_PR_MolGen_Variante	variant	Genetische Variante
MII_PR_MolGen_Genotyp	genotype	Genotyp-Information
MII_PR_MolGen_DiagnostischeImplikation	diagnostic-implication	Diagnostische Bedeutung
MII_PR_MolGen_TherapeutischeImplikation	therapeutic-implication	Therapeutische Bedeutung
MII_PR_MolGen_MolekulareKonsequenz	molecular-consequence	Molekulare Auswirkung
MII_PR_MolGen_Medikationsempfehlung	medication-recommendation	Medikationsempfehlung
MII_PR_MolGen_EmpfohleneFolgemassnahme	followup-recommendation	Empfohlene Folgemaßnahme
MII_PR_MolGen_GenomicStudy	genomic-study	Genomische Studie
MII_PR_MolGen_GenomicStudyAnalysis	genomic-study-analysis	Analyse der genomischen Studie
MII_PR_MolGen_MolekularerBiomarker	molecular-biomarker	Basisprofil der Biomarker-Profile dieses Moduls

Profile, die von einem anderen Profil dieses Moduls abstammen

Profilname	Parent-Profil	Beschreibung
MII_PR_MolGen_Mikrosatelliteninstabilitaet	MII_PR_MolGen_MolekularerBiomarker	MSI-Status
MII_PR_MolGen_Mutationslast	MII_PR_MolGen_MolekularerBiomarker	Tumor-Mutationslast

Beide erreichen Clinical Genomics STU3 über MII_PR_MolGen_MolekularerBiomarker, nicht direkt.

Zwei Canonical-Schemata — Absicht, kein Versehen

Zwölf Profile tragen ein kurzes Canonical, vier eines mit dem Präfix mii-pr-molgen-:

Schema	Canonical endet auf	Profile
kurz	…/StructureDefinition/variante	die zwölf älteren Profile
mit Präfix	…/StructureDefinition/mii-pr-molgen-genomic-study	GenomicStudy, GenomicStudyAnalysis, MolekulareKonsequenz, MolekularerBiomarker

Die vier präfixierten kamen bei der Migration auf Clinical Genomics STU3 hinzu und haben den Präfix aus ihren Ids übernommen. Die beiden GenomicStudy-Profile behielten zudem ihre englischen Namen, während das Modul sonst deutsch benennt.

Das wird nicht vereinheitlicht. Alle vier Canonicals sind mit Version 2026.0.4 ausgeliefert und damit feste Identität: wer diese Version einsetzt, hat die URLs in Profilbindungen, in meta.profile und in Suchabfragen stehen. Ein Umbenennen bräche diese Referenzen, und eine Ballotierung ist dafür der falsche Zeitpunkt — die Prüfenden würden Inhalte begutachten und gleichzeitig mit kaputten Referenzen kämpfen. Ob modulübergreifend eine gemeinsame Konvention gelten soll, ist eine Frage für die TF-KDS und nicht für dieses Modul allein.

Wer eine Referenz von Hand schreibt, nimmt das Canonical von der Profilseite selbst und leitet es nicht aus dem Profilnamen ab.

Profile direkt von FHIR R4

Profilname	Parent-Ressource (FHIR R4)	Beschreibung
MII_PR_MolGen_AnforderungGenetischerTest	ServiceRequest	Anforderung für genetische Tests
MII_PR_MolGen_Familienanamnese	FamilyMemberHistory	Familienanamnese
MII_PR_MolGen_PolygenerRisikoScore	RiskAssessment	Polygener Risiko-Score

Profil-Beziehungsdiagramm

Das folgende Diagramm visualisiert die Beziehungen zwischen den verschiedenen FHIR-Profilen im Modul:

Legende:

• Blau (Workflow): ServiceRequest und DiagnosticReport als zentrale Workflow-Komponenten
• Türkis (Study): GenomicStudy und GenomicStudyAnalysis für Studiendaten
• Grün (Finding): Genetische Befunde (Variante, Genotyp, Haplotyp)
• Orange (Biomarker): Molekulare Biomarker (MSI, Mutationslast, PRS)
• Violett (Implication): Klinische Implikationen (Diagnostisch, Therapeutisch, Molekular)
• Grau (Task): Empfohlene Maßnahmen (Medikation, Folgemaßnahmen)

Workflow: Anforderung und Befundbericht

Überblick: Workflow

Der Workflow für molekulargenetische Analysen umfasst den gesamten Prozess von der Anforderung einer genetischen Untersuchung bis zur Erstellung des finalen Befundberichts.

Kernkomponenten des Workflows

ServiceRequest (Anforderung): Initiiert den diagnostischen Prozess mit spezifischen Fragestellungen und gewünschten Analysen.

DiagnosticReport (Befundbericht): Zentrale Ressource, die alle Ergebnisse, Interpretationen und Empfehlungen zusammenführt und strukturiert darstellt.

Workflow-Ablauf

1. Anforderung: Kliniker stellt Anfrage für genetische Testung mit klinischer Fragestellung
2. Probenentnahme: Gewinnung und Vorbereitung der Probe (referenziert durch Specimen)
3. Durchführung: Genetische Analyse mittels GenomicStudy
4. Auswertung: Identifikation von Varianten und deren Interpretation
5. Befunderstellung: Zusammenführung aller Ergebnisse im DiagnosticReport
6. Empfehlungen: Ableitung therapeutischer oder diagnostischer Konsequenzen

Verknüpfungen: Workflow

• ServiceRequest → DiagnosticReport über basedOn
• DiagnosticReport → GenomicStudy über Extension
• DiagnosticReport → Observations über result
• DiagnosticReport → Tasks über recommended-action Extension

Genetische Befunde

Überblick: Genetische Befunde

Genetische Befunde dokumentieren die identifizierten genetischen Varianten und deren molekulare Eigenschaften. Diese Observation-basierten Profile bilden die faktische Grundlage für die molekulargenetische Diagnostik ohne interpretative Bewertungen.

Kernprofile: Genetische Befunde

Variante: Einzelne genetische Veränderung mit detaillierten molekularen Annotationen.

Genotyp: Kombination von Allelen an einem bestimmten Genlocus, wichtig für die Vererbungsanalyse.

Haplotyp: Gruppe von gekoppelten genetischen Varianten, die gemeinsam vererbt werden.

Sequence Phase Relationship: Beschreibt die Phasenbeziehung zwischen Varianten (cis/trans).

Wichtige Komponenten der Variante

Molekulare Annotation

• HGVS-Notation auf verschiedenen Ebenen (genomisch, Transkript, Protein)
• Referenzsequenzen (bevorzugt MANE-Transkripte)
• Genomische Position (Chromosom, Start, Ende)
• Referenz- und alternative Allele
• Gen-Symbol (HGNC)

Allelischer Status

• Zygosität (heterozygot, homozygot, hemizygot)
• Allelfrequenz (VAF - Variant Allele Frequency) in der untersuchten Probe
• Allelic Read Depth (Anzahl der Reads pro Allel)

Verknüpfungen: Genetische Befunde

• Varianten können zu Genotypen gruppiert werden (hasMember)
• Genotypen können Haplotypen bilden
• Alle Befunde referenzieren die zugehörige GenomicStudy über partOf
• Interpretationen in den Implikationen verweisen über derivedFrom auf diese Befunde

Abgrenzung der Genetischen Befunde

Nicht in den Befunden enthalten:

• Pathogenität und klinische Bedeutung → siehe Implikationen
• Coverage und Sequenziertiefe → siehe Methodik (GenomicStudy)
• Qualitätsmetriken → siehe Methodik (GenomicStudyAnalysis)

Genetische Implikationen

Überblick: Genetische Implikationen

Genetische Implikationen bewerten und interpretieren die identifizierten genetischen Befunde hinsichtlich ihrer klinischen Bedeutung. Diese Observation-Profile enthalten die medizinische Einordnung der Varianten.

Kernprofile: Genetische Implikationen

Diagnostische Implikation: Bewertet die Bedeutung einer Variante für die Diagnosestellung und Krankheitsursache.

Therapeutische Implikation: Beschreibt die Auswirkungen auf Therapieentscheidungen und Medikamentenwahl.

Molekulare Konsequenz: Dokumentiert die funktionellen Auswirkungen auf Genprodukte (Proteine, RNA).

Wichtige Komponenten: Genetische Implikationen

Klinische Bewertung

• Pathogenität nach ACMG-Kriterien (pathogen, likely pathogen, VUS, likely benign, benign)
• Evidenzlevel für klinische Aussagen
• Assoziierte Erkrankungen (ICD-10, Orphanet, OMIM)
• Penetranz und Expressivität

Therapeutische Relevanz

• Medikamenten-Wirksamkeit (Response/Non-Response)
• Dosisanpassungen basierend auf Genotyp
• Kontraindikationen
• Pharmakogenetische Guidelines (CPIC, DPWG)

Molekulare Effekte

• Funktionsverlust (Loss of Function)
• Funktionsgewinn (Gain of Function)
• Dominant-negativer Effekt
• Auswirkung auf Proteinfaltung oder -stabilität

Verknüpfungen: Genetische Implikationen

• Implikationen verweisen über derivedFrom auf die zugrundeliegenden Varianten
• Therapeutische Implikationen können zu Medikationsempfehlungen führen
• Diagnostische Implikationen können weitere Untersuchungen triggern

Evidenz und Quellen

• ClinVar-Klassifikationen
• Literaturverweise (PubMed)
• Datenbank-Einträge (COSMIC, dbSNP, gnomAD)
• Expertenkonsens und Guidelines

Molekulare Biomarker

Überblick: Molekulare Biomarker

Molekulare Biomarker sind aggregierte genomische oder molekulare Messgrößen, die prognostische oder prädiktive Aussagen über Krankheitsverlauf und Therapieansprechen ermöglichen. Alle Biomarker-Profile erben vom Clinical Genomics STU3 Molecular Biomarker Profil.

Aktuell definierte Profile (nicht abschließend)

Mikrosatelliteninstabilität (MSI): Marker für DNA-Mismatch-Reparatur-Defizienz, wichtig für Immuntherapie-Entscheidungen.

Mutationslast (TMB): Gesamtzahl somatischer Mutationen pro Megabase, Prädiktor für Checkpoint-Inhibitor-Ansprechen.

Polygener Risiko-Score (PRS): Kombinierte Bewertung multipler genetischer Varianten zur Risikostratifizierung (RiskAssessment-basiert).

Erweiterbarkeit

Das Molecular Biomarker Profil ist flexibel erweiterbar und wird bereits für weitere Analysen genutzt:

In Modul Molekulares Tumorboards (MTB) weiter spezifiziert

• Immunhistochemie (IHC): generische Observations, spezielle Profile für PD-L1 Expression, HER2-Status
• In-situ-Hybridisierung (ISH): z.B. FISH für Genamplifikationen
• Homologe Rekombinationsdefizienz (HRD): inkl. Subskalen

Weitere mögliche Biomarker ohne spezifische Genzuordnung

• Chromosomale Instabilität (CIN)
• Klonale Hämatopoese (CHIP)
• Liquid Biopsy Marker (ctDNA-Fraktion)
• Methylierungssignaturen

Verknüpfungen: Molekulare Biomarker

• Alle Biomarker erben vom STU3 molecular-biomarker Profil
• Referenzieren die zugrundeliegende GenomicStudy über partOf
• Können aus verschiedenen Analysemethoden stammen (NGS, IHC, ISH)
• Werden im DiagnosticReport als result eingebunden

Therapieempfehlungen

Überblick: Therapieempfehlungen

Therapieempfehlungen dokumentieren konkrete Handlungsanweisungen, die sich aus den genetischen Befunden ergeben. Diese Task-basierten Profile ermöglichen die strukturierte Weitergabe von Empfehlungen.

Kernprofile: Therapieempfehlungen

Medikationsempfehlung: Pharmakogenetisch begründete Empfehlungen zu Medikamentenwahl und -dosierung.

Empfohlene Folgemaßnahme: Weitere diagnostische oder präventive Maßnahmen basierend auf genetischen Befunden.

Medikationsempfehlung

• Medikamentenauswahl basierend auf Genotyp
• Dosisanpassungen oder Kontraindikationen
• Evidenzbasis: CPIC, DPWG, PharmGKB
• Beispiele: CYP2D6, TPMT, DPYD, HLA-B*57:01

Empfohlene Folgemaßnahme

• Familienuntersuchung bei hereditären Erkrankungen
• Tumorboard-Vorstellung
• Intensivierte Vorsorge
• Genetische Beratung
• Verlaufskontrollen

Verknüpfungen: Therapieempfehlungen

• Tasks verweisen über reasonReference auf die Implikationen
• DiagnosticReport referenziert Tasks über recommended-action Extension
• Task-Status tracking: draft → requested → completed

Methodik der genomischen Untersuchung

Überblick: Methodik

Die Methodik-Profile dokumentieren die technischen Details der durchgeführten genetischen Analysen, von der Probenverarbeitung bis zur bioinformatischen Auswertung.

Kernprofile: Methodik

GenomicStudy: Übergeordnete Studie, die alle Analysen zu einer Probe zusammenfasst (ersetzt UntersuchteRegion aus STU2, plus umfangreichere Methodikinformation und Workflow-IDs).

GenomicStudyAnalysis: Einzelne Analyseschritte innerhalb einer Studie (z.B. Library Prep, Sequenzierung, Bioinformatik).

Wichtige Komponenten: Methodik

Untersuchte Regionen

• Gene und Genpanels (HGNC)
• Genomische Koordinaten
• Transkripte (MANE bevorzugt)
• Callable/Non-callable Regionen

Methodendokumentation

• Sequenzier-Technologie (WGS, WES, Panel)
• Geräte und Kits
• Software-Pipelines und Versionen
• Qualitätsparameter

Qualitätsmetriken

• Coverage (Mean, Median)
• Sequenziertiefe
• Q30-Scores
• Callable Regions Prozentsatz

Migration von STU2

UntersuchteRegion (alt) → GenomicStudy (neu)

• Erweiterte Metadaten
• Hierarchische Workflow-Abbildung
• Bessere Gerätedokumentation
• Strukturierte Qualitätsmetriken

Verknüpfungen: Methodik

• GenomicStudy wird über Extension vom DiagnosticReport referenziert
• Observations (Varianten) verweisen über partOf auf GenomicStudy
• GenomicStudyAnalysis als Extension in GenomicStudy eingebettet
• Specimen-Referenzen für Probenzuordnung

Implementierungshinweise: Methodik

• Minimale Implementierung: Nur untersuchte Gene/Regionen
• Erweiterte Implementierung: Vollständige Workflow-Dokumentation
• Forschungsprojekte nutzen erweiterte Metriken
• Routine-Diagnostik fokussiert auf Basis-Informationen

Familienanamnese

Überblick: Familienanamnese

Die Familienanamnese erfasst genetisch relevante Erkrankungen bei Blutsverwandten und ist essentiell für die Interpretation hereditärer Varianten und die Risikoeinschätzung.

Kernprofil: Familienanamnese

FamilyMemberHistory: Dokumentiert Erkrankungen von Familienangehörigen mit detaillierten Verwandtschaftsinformationen.

Wichtige Komponenten: Familienanamnese

Verwandtschaftsbeziehung

• Verwandtschaftsgrad (1., 2., 3. Grades)
• Verwandtschaftsverhältnis (leiblich, adoptiert)
• Familiäre Linie (mütterlich, väterlich)
• Spezifische Beziehung (Mutter, Vater, Geschwister, etc.)

Erkrankungsdokumentation

• Diagnosen (ICD-10, Orphanet, OMIM)
• Manifestationsalter
• Krankheitsverlauf
• Todesursache (falls zutreffend)

Extensions (MII-spezifisch)

Drei spezielle Extensions erweitern die Standardressource:

• Verwandtschaftsgrad: Grad der biologischen Verwandtschaft
• Verwandtschaftsverhältnis: Art der Beziehung (leiblich/adoptiert)
• Familiäre Linie: Mütterliche oder väterliche Seite

Details siehe Extensions

Klinische Bedeutung der Familienanamnese

• Identifikation hereditärer Muster
• Risikostratifizierung für Anlageträger
• Indikationsstellung für erweiterte Diagnostik
• Familienberatung und Kaskadenscreening

Verknüpfungen: Familienanamnese

• Referenziert über patient den Indexpatienten
• Kann über reasonReference auf genetische Befunde verweisen
• Wird in ServiceRequest als reasonReference für Testindikation genutzt