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Terminologien

Für die Kodierung des gesamten Pathologiebefundberichts als auch für die Grouper-Observations kommen LOINC-Terme aus der DOC.*-Klasse oder der Doc-Skala zum Einsatz.

Die generischen Einzelbeobachtungen selbst sollten möglichst genau so kodiert werden, wie sie auch beobachtet wurden, d.h. an welchem Probentyp, mit welcher Methode, etc.

Die zahlreichen Möglichkeiten, Beobachtungen mit Code-Value-Paaren zu beschreiben, werden für nichtnumerische Beobachtungsergebnisse auf zwei (drei) prinzipielle Möglichkeiten beschränkt:

1. der Observation.code repräsentiert die Art der Beobachtung und der Observation.value den nichtnumerischen Beobachtungswert.

• Observation.code: Ausmaß einer Extraprostatischen Tumorausbreitung
• Observation.valueCodebleConcept: fokal

1. der Observation.code wird durch eine Möglichkeit ausgedrückt, die nicht die Aktion der Beobachtung kodiert, sondern ein Statement zu einem Befund darstellt. Auf diese Weise ist der Observation.value ein Qualifier, der das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Befundes kodiert.

• Observation.code: Perineuralscheideninvasion
• Observation.valueCodebleConcept: Ja/Nein Indikator oder Observation.valueBoolean

1. der Observation.code wird wie in 2. durch ein Statement zu einem Befund dargestellt, der Observation.value wird weggelassen.

• Observation.code: Perineuralscheideninvasion
• Observation.valueCodebleConcept:
• Observation.dataAbsentReason: not-applicable

Für die erstgenannte Möglichkeit stehen alle LOINC-Terme der Typen "Lab" und "Clinical" zur Verfügung. Falls kein passender LOINC-Code zur Verfügung steht, wird ein SNOMED-CT-Code verwendet, der aus der Hierarchie-Achse 363787002 (Observable entity) oder 386053000 (Evaluation procedure) stammt. Die Observation.values sind vorzugsweise SNOMED-CT-Codes oder zugehörige LOINC-Answer-Codes.

Für die zweitgenannte Möglichkeit ist der Observation.code vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den Hierarchie-Achsen 404684003 (Clinical finding), 413350009 (Finding with explicit context) oder 272379006 (Event). Der Observation.value wird repräsentiert vorzugsweise durch die SNOMED-CT-Achse 362981000 (Qualifier value). Postkoordinierte SNOMED-CT Expressions sollten vermieden werden.

Für die drittgenannte Möglichkeit sollte vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den o.g. Hierarchie-Achsen verwendet werden. Ein Observation.dataAbsentReason.value des fehlenden Observation.value sollte benutzt werden, um anzuzeigen, warum dieser Wert fehlt.

Wenn sich keine passenden LOINC-Terme oder SNOMED-CT-Codes finden lassen, sind weitere standardisierte Code-Systeme (z.B. HL7 V2.x oder V3, ICD-10, ICD-11, ICD-O-3, ADT/GEKID) Kodes aus lokalen Kodesystemen vorzuziehen.

Für Synoptische Befundberichte zu Tumoren sollte der SNOMED CT Clinical Implementation Guide for Cancer Synoptic Reporting (https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCCANSIG/SNOMED+CT+Clinical+Implementation+Guide+for+Cancer+Synoptic+Reporting) berücksichtigt werden.

Die Maßeinheiten bei Messwerten müssen zwingend in UCUM-Einheiten angegeben werden, damit sich die Ergebnisse ineinander umrechnen lassen. Mittels Validatoren kann sichergestellt werden, dass die verwendeten Einheiten zulässig sind.

Für die Kodierung von Proben und Prozeduren wird SNOMED-CT verwendet.

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Färbungen

Für Färbeprozeduren wird folgendes Vorgehen empfohlen:

• Histologische und zytologische Färbungen können in SNOMED CT entweder als präkoordinierte Prozedur (alle Children von 127790008 Staining method) oder als Kombination von Färbeprozess und den verwendeten Farbstoffen (Children von 397165007 Stain bzw. 45389009 Tissue stain) kodiert werden. Der Färbeprozess wird über Specimen.processing.procedure abgebildet, die zugehörigen Färbesubstanzen über Specimen.processing.additive als Referenz auf eine oder mehrere Substance-Ressourcen.
• Für immunhistochemische Färbungen steht mit 117617002 Immunohistochemistry procedure ein präkoordiniertes Konzept zur Verfügung. Für Immunfluoreszenz ist 406867009 Immunofluorescent stain method einschlägig, für zytologische Präparate 13269000 Immunocytochemical stain. Der verwendete Antikörper bzw. das Zielantigen sowie das Chromogen werden als Additiv (Substance) angegeben.
• Für in-situ-Hybridisierungen (ISH), PCR-, Methylierungs- und NGS-Untersuchungen sollte die terminologische Harmonisierung über die entsprechenden Profile des Erweiterungsmoduls Molekulares Tumorboard erfolgen.

Wenn kein SNOMED-CT-Konzept existiert: Für viele Antikörper führt SNOMED CT keinen Code — p63 beispielsweise ist in der Internationalen Edition nicht enthalten. In diesen Fällen ist ein lokaler Code in Substance.code zulässig; er sollte in einem Namensraum der eigenen Einrichtung liegen und über Specimen.processing.additive referenziert werden. Für die strukturierte Angabe des Antikörpertyps steht zusätzlich 1236876007 Type of antibody used in immunohistochemistry technique zur Verfügung.

Außerdem ist ein postkoordinierter Färbeprozess kodierbar:

• Färbeprozess(procedure):usingSubstance=Farbstoff oder =Antikörper
• Färbeprozess(procedure):directSubstance=Zielantigen
• oder eine Kombination dieser Kodierungen.

Bei postkoordinierten Codes sei allerdings zu beachten, dass diese ohne einen dafür geeigneten Terminologieserver kaum auswertbar sind. Aus diesem Grund wäre unsere Empfehlung erstmal die Zusammenhänge von Färbeprozessen und deren jeweiligen Färbesubstanzen auf das FHIR Informationsmodell zu übertragen, und diese mithilfe von .processing.procedure und .processing.additive abzubilden.

Die im Modul verwendeten Bearbeitungsprozeduren sind im ValueSet MII VS Patho Processing Procedure [SNOMED CT] zusammengefasst. Ein eigenes ValueSet für Färbesubstanzen ist in Vorbereitung.

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Modul ValueSets

Zusätzlich zu o.g. und weiteren internationalen Terminologien (ICD-O-3 und UICC-TNM) werden durch das Modul Pathologie-Befund eigene ValueSets definiert. Es sei darauf hingewiesen, dass alle ValueSets keine Expansion beinhalten. Diese muss vor der Verwendung mittels eines Terminologieservers durchgeführt werden.

Außerdem werden mehrere Datenelemente in den FHIR Resourcen durch HL7 V2.x -Kodes kodiert.

Die folgende Tabelle wird automatisch aus dem FHIR-Package erzeugt und listet je ValueSet eine Zeile mit den Profilen und Elementen, die es binden:

Title	URL	Description	Usage (Profil: Element, Stärke)
MII VS Patho All [LOINC]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-all-loinc	ValueSet for general LOINC VS binding	MII PR Patho Base Observation: Observation.code.coding (preferred),MII PR Patho Composition: Composition.section.code.coding (required)
MII VS Patho Collection Method [SNOMED CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-collection-method-snomed-ct	ValueSet for the clinical collection method	MII PR Patho Specimen: Specimen.collection.method (extensible)
MII VS Patho Composition Type KDL	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-composition-type-kdl	ValueSet for the categorization of Pathology Report documents	MII PR Patho Composition: Composition.type.coding (extensible)
MII VS Patho Composition Type [Snomed CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-composition-type-snomed-ct	ValueSet for the types a pathology Composition can have	MII PR Patho Composition: Composition.type.coding (extensible),MII PR Patho Composition: Composition.category.coding (extensible)
MII VS Patho Container Type [SNOMED CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-container-type-snomed-ct	ValueSet for container type based on IHE PaLM's ContainerEntityClassType ValueSet	MII PR Patho Specimen: Specimen.container.type (required)
MII VS Patho Media Modality [SNOMED CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-media-modality-snomed-ct	ValueSet with some of the main Media.modalities needed in the pathological scope	MII PR Patho Attached Image: Media.modality (extensible)
MII VS Patho Problem List [SNOMED CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-problem-list-snomed-ct	ValueSet containing the recommended vocabulary for describing problems, according to the IHE Patient Care Coordination Technical Framework (Vol. 2)	MII PR Patho Problem List Item: Condition.code (extensible)
MII VS Patho Processing Procedure [SNOMED CT]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-processing-procedure-snomed-ct	Specimen processing procedure	MII PR Patho Specimen: Specimen.processing.procedure (extensible)
MII VS Patho Report Category HL7	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-report-category-hl7	ValueSet for the categorization of Pathology Report documents	MII PR Patho Report: DiagnosticReport.category (extensible)
MII VS Patho Report Code [LOINC]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-report-code-loinc	ValueSet for the report type codes of pathology DiagnosticReports	MII PR Patho Report: DiagnosticReport.code.coding (extensible)
MII VS Patho Section Types [LOINC]	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-section-types-loinc	ValueSet for IHE PaLM APSR's section types	MII PR Patho Finding: Observation.category (required)
MII VS Patho Service Request Code	https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-patho/ValueSet/mii-vs-patho-service-request-code	ValueSet for a preferred set of ServiceRequest codes	MII PR Patho Service Request: ServiceRequest.code (extensible)