CapabilityStatement für das MII Mikrobiologie Modul 2027.

Suche nach der Interpretation einer mikrobiologischen Observation.

Suchparameter für die Normkategorie der Empfindlichkeitsextension

Suche nach der Verduennungsstufe eines Titers. Indiziert den Nenner des Ratio-Werts von MII_PR_Mikrobio_Titer; der Zaehler ist dort fest 1. Ein groesserer Nenner bedeutet einen hoeheren Titer, z. B. findet ?titer=gt160 alle Titer oberhalb von 1:160.

Suche nach der Observation, die eine mikrobiologische Observation ausgelöst hat.

Logical Model des mikrobiologischen Befunds für die grafische Darstellung des Mikrobiologie-Datenmodells 2027 [DE]

Gemeinsame Angaben aller mikrobiologischen Untersuchungen [DE]

Fachliche Ausprägungen der mikrobiologischen Untersuchung für die grafische Darstellung des Mikrobiologie-Datenmodells 2027 [DE]

Allgemeine Bestimmung beschreibt die Identifikation eines Mikroorganismus oder infektiösen Agens in einer Probe, ohne Einschränkung auf ein vordefiniertes Ziel.

Allgemeine Kultur beschreibt das Ergebnis einer nicht zielgerichteten mikrobiologischen Kultur, die prüft, ob in der Probe irgendein Mikroorganismus wächst, ohne die Analyse auf einen vordefinierten Erreger zu beschränken.

Allgemeine Mikroskopie beschreibt die morphologische Beobachtung von Mikroorganismen in einer Probe mittels mikroskopischer Untersuchung, optional mit Färbetechniken (z. B. Gramfärbung). Das Ergebnis ist eine morphologische Gruppe, keine Spezies.

Quantitative Antigen-/Antikörperantwort beschreibt die quantitative Messung erregerspezifischer Antigene oder Antikörper in einer Probe, bestimmt mittels immunologischer Verfahren.

Avidität beschreibt die qualitative Beurteilung der Bindungsstärke von Antikörpern an ein spezifisches Antigen, typischerweise zur Unterscheidung frischer von zurückliegenden Infektionen.

Bartlett-Score beschreibt die qualitative mikroskopische Beurteilung der Eignung von Sputumproben für die mikrobiologische Kultur anhand des Verhältnisses von Entzündungs- zu Epithelzellen.

CT-Wert beschreibt die Quantifizierung des Zyklusschwellenwerts bei Nukleinsäurenachweisen (z. B. Echtzeit-PCR) in einer Probe.

Mikrobiologischer Befundbericht zur Zusammenfassung und Kontextualisierung zugehöriger mikrobiologischer Untersuchungsergebnisse.

Empfindlichkeit beschreibt das Ergebnis der phänotypischen Resistenztestung eines Erregers gegenüber antimikrobiellen Substanzen unter Bezug auf ein Normsystem.

Keimzahl beschreibt die quantitative Bestimmung lebensfähiger Mikroorganismen in einer Probe als koloniebildende Einheiten je Volumen, je Masse oder als Anzahl je Probe.

MRGN-Klasse beschreibt die Einstufung multiresistenter gramnegativer Erreger entsprechend der RKI-Kategorisierung.

Molekulare Pathogenlast beschreibt die quantitative Messung der Nukleinsäurekonzentration eines Erregers in einer Probe, typischerweise als Konzentration pro Volumen.

Nugent-Score beschreibt ein Gramfärbungs-basiertes semiquantitatives Punktesystem zur Beurteilung vaginaler Mikrobiotamuster bei bakterieller Vaginose.

Probe beschreibt das mikrobiologisch untersuchte Material. Das Profil leitet vom Bioproben-Basisprofil der MII-Biobank ab und ergaenzt die Erwartungen der mikrobiologischen Diagnostik.

Bewertung eines nachgewiesenen Erregers hinsichtlich einer definierten Resistenzkategorie, z. B. MRSA, VRE, LRE oder LVRE. Die bewertete Kategorie steht in Observation.code, das Ergebnis der Bewertung in Observation.value.

Resistenzmechanismen/Determinanten beschreibt den Nachweis von Resistenzgenen, Resistenzmutationen, Proteinen oder funktionalen Test (z.B. CIM-Test) in einer Probe oder Isolat als Hinweis auf spezifische Resistenzmechanismen.

Spezifische Bestimmung beschreibt den qualitativen Nachweis eines vordefinierten mikrobiellen Ziels in einer Probe durch direkte molekulare, immunologische oder biochemische Nachweismethoden sowie durch methodenneutral kodierte Nachweistests. Der kulturbasierte zielgerichtete Nachweis liegt ebenfalls hier; das Verfahren steht im Untersuchungscode und in Observation.method.

Spezifische Mikroskopie beschreibt den mikroskopischen Nachweis eines im Untersuchungscode benannten Objekts — etwa säurefester Stäbchen oder von Leukozyten — mit der semiquantitativen Stufe als Ergebnis.

Titer beschreibt eine semiquantitative Messung aus seriellen Verdünnungsreihen, berichtet als Verhältnis (z. B. 1:160).

Virulenzfaktor beschreibt den qualitativen Nachweis oder Ausschluss von Virulenzdeterminanten in einer Probe oder einem Isolat.

Voraussichtliche Empfindlichkeit beschreibt die aus genotypischen Resistenznachweisen abgeleitete erwartete Suszeptibilität oder Resistenz gegenüber antimikrobiellen Substanzen.

Normative susceptibility interpretation metadata (system, version, category).

Staining technique used for the microscopic examination, coded with the same SNOMED CT hierarchy as the European laboratory coordination.

R5: Observation.triggeredBy (new:BackboneElement)

Kodierung für semi-quantitative Laborergebnisse

Ergebnis-ValueSet fuer die allgemeine Bestimmung: der identifizierte Mikroorganismus oder das negative Ergebnis, wenn kein Erreger identifiziert wurde.

Methoden-ValueSet für die allgemeine Bestimmung: nicht kulturbasierte Verfahren zur Identifikation eines Erregers ohne vordefiniertes Ziel, etwa Mikroskopie oder MALDI-TOF.

Tests-ValueSet für die allgemeine Bestimmung: LOINC-Codes für die ungerichtete Identifizierung eines Mikroorganismus. Bevorzugt wird 41852-5; die übrigen Codes sind gleichwertig zulässig, wo das Labor die Erregergruppe oder das Sequenzierziel im Code benennt.

Methoden-ValueSet für die allgemeine Kultur: Kulturverfahren ohne Einschränkung auf einen vordefinierten Erreger, einschließlich aerober und anaerober Bebrütung.

Tests-ValueSet für die allgemeine Kultur: LOINC-Codes für die ungerichtete kulturelle Untersuchung. Bevorzugt wird 11475-1, weil der Code das Verfahren selbst benennt; 41852-5 ist gleichwertig zulässig.

Tests-ValueSet für die allgemeine Mikroskopie: nominale LOINC-Codes der mikroskopischen Beobachtung, deren Ergebnis die gesehene Morphologie ist. Bevorzugt wird 105059-0, weil es methodenneutral ist; die Codes mit Färbung im Namen (Gram, säurefest, Rhodamin-Auramin) sind gleichwertig zulässig und halten dafür Observation.method frei.

Methoden-ValueSet für quantitative Antigen- und Antikörpertests sowie für die Aviditätsbestimmung: immunologische Nachweisverfahren.

Einheiten-ValueSet für quantitative Antigen- und Antikörpertests (UCUM). Bindet Observation.valueQuantity.code.

Tests-ValueSet für quantitative Antigen- und Antikörpertests: LOINC-Codes für die Messung erregerspezifischer Antigene oder Antikörper.

Bewertungs-ValueSet für die Avidität: kategoriale Einordnung des Aviditätsindex als niedrig, grenzwertig oder hoch. Niedrige Avidität spricht für eine frische Infektion.

Tests-ValueSet für die Aviditätsbestimmung: LOINC-Codes für Aviditätstests einschließlich des Zielantigens.

Ergebnis-ValueSet für den Bartlett-Score: Punktkategorien von +3 bis -1, die das Verhältnis von Entzündungs- zu Epithelzellen und damit die Eignung einer Sputumprobe für die Kultur bewerten.

Sepzalisierte Kodierung von mikrobiologischen Befunden

Tests-ValueSet für den Ct-Wert: LOINC-Codes mit der Eigenschaft Zyklusschwellenwert bei Nukleinsäurenachweisen.

Gruende fuer ein fehlendes Untersuchungsergebnis. Ergaenzt die FHIR-Basiscodes um das unbestimmbare Ergebnis, das zuvor ueber value[x] kodiert wurde.

Ergebnis-ValueSet für zielgerichtete qualitative Nachweise: nachgewiesen oder nicht nachgewiesen. Ein unbestimmbares Ergebnis wird nicht hierüber, sondern über Observation.dataAbsentReason abgebildet.

Einheiten-ValueSet für die phänotypische Empfindlichkeitstestung (UCUM): minimale Hemmkonzentration in mg/L oder Hemmhofdurchmesser in mm.

Methoden-ValueSet für die phänotypische Empfindlichkeitstestung: die Verfahren, mit denen eine minimale Hemmkonzentration oder ein Hemmhofdurchmesser gemessen wird.

Tests-ValueSet für die phänotypische Empfindlichkeitstestung: LOINC-Codes der getesteten antimikrobiellen Substanz.

Tests-ValueSet für die voraussichtliche Empfindlichkeit: LOINC-Codes für die aus dem Genotyp abgeleitete erwartete Wirksamkeit einer antimikrobiellen Substanz.

Färbeverfahren der mikroskopischen Untersuchung, z. B. Gramfärbung oder Kinyounfärbung.

Einheiten-ValueSet für die Keimzahlbestimmung (UCUM): koloniebildende Einheiten je Volumen, je Masse oder als Anzahl je Probe.

Tests-ValueSet für die Keimzahlbestimmung: LOINC-Codes für die quantitative Bestimmung lebensfähiger Mikroorganismen.

Ergebnis-ValueSet fuer die allgemeine und die spezifische Kultur: Wachstum, kein Wachstum oder ein nicht eindeutiges Ergebnis. Wie viel gewachsen ist, sagt nicht dieses ValueSet, sondern die Keimzahl. Ein unbestimmbares Ergebnis wird nicht ueber value[x], sondern ueber Observation.dataAbsentReason abgebildet.

Ergebnis-ValueSet für die MRGN-Klassifikation: 2MRGN, 3MRGN und 4MRGN nach RKI-Kategorisierung. Die negative Einstufung steht im modul­eigenen CodeSystem, da die LOINC-AnswerList sie nicht führt.

Einheiten für die Zählung je Gesichtsfeld in der Mengenkomponente der Mikroskopie.

Mengen-ValueSet der Mikroskopie: die semiquantitative Stufe, in der ein mikroskopischer Befund gesehen wurde.

Einheiten-ValueSet für die molekulare Pathogenlast (UCUM): Konzentrationsangaben wie Kopien pro Milliliter.

Methoden-ValueSet für die molekulare Pathogenlast: Amplifikationsverfahren zur Quantifizierung von Erregernukleinsäure.

Tests-ValueSet für die molekulare Pathogenlast: quantitative LOINC-Codes für die Nukleinsäurekonzentration eines Erregers.

Ergebnis-ValueSet für die Mikroskopie: die mikroskopisch beobachtete morphologische Gruppe, etwa grampositive Kokken in Haufen oder gramnegative Stäbchen. Eine Speziesidentifizierung gehört nicht hierher, auch wenn sie mikroskopisch gestellt wurde.

Methoden-ValueSet für die Mikroskopie: die eingesetzten mikroskopischen Verfahren. Die Färbung wird nicht hier, sondern in der Extension MII_EX_Mikrobio_Faerbung angegeben.

Organismen-ValueSet: die SNOMED-CT-Hierarchien, aus denen ein identifizierter Erreger stammen kann. Wird nicht direkt gebunden, sondern in die Ergebnis-ValueSets der Bestimmung eingebunden.

Untersuchungscodes fuer die Bewertung eines nachgewiesenen Erregers hinsichtlich einer definierten Resistenzkategorie.

Ergebnis der Bewertung eines nachgewiesenen Erregers hinsichtlich der in Observation.code angegebenen Resistenzkategorie.

Tests-ValueSet für Resistenzmechanismen und Determinanten: LOINC-Codes für den Nachweis von Resistenzgenen, Resistenzproteinen und funktionalen Resistenztests.

Methoden für den Nachweis von Resistenzmechanismen und Determinanten: molekulare, immunologische und funktionale Verfahren.

Ergebnis-ValueSet fuer die spezifische Bestimmung: Nachweis oder Ausschluss des Ziels, das bereits im Untersuchungscode benannt ist, einschliesslich der Graubereichsbefunde schwach positiv und nicht eindeutig. Ein unbestimmbares Ergebnis wird nicht ueber value[x], sondern ueber Observation.dataAbsentReason abgebildet.

Methoden-ValueSet für die spezifische Bestimmung: nicht kulturbasierte Verfahren des zielgerichteten Erregernachweises, etwa Amplifikation, Immunoassay oder Agglutination.

Tests-ValueSet fuer die spezifische Bestimmung.

Tests-ValueSet für die spezifische Mikroskopie: ordinale LOINC-Codes, bei denen das gesuchte Objekt und die Färbetechnik im Code benannt sind; das Ergebnis ist der Nachweis, die Menge steht in der Mengenkomponente.

Bewertungs-ValueSet für die phänotypische Empfindlichkeitstestung: die Kategorien sensibel, intermediär, sensibel bei erhöhter Exposition, resistent und nicht sensibel.

Norm-ValueSet für die Empfindlichkeitstestung: das Normsystem, auf dessen Grenzwerten eine Kategorie beruht. Gebunden an die Extension MII_EX_Mikrobio_Empfindlichkeit_Norm.

Methoden-ValueSet für die Titerbestimmung: Verfahren serieller Verdünnungsreihen.

Tests-ValueSet für die Titerbestimmung: LOINC-Codes für semiquantitative Messungen aus Verdünnungsreihen.

Tests-ValueSet für Virulenzfaktoren: LOINC-Codes für den Nachweis oder Ausschluss von Virulenzdeterminanten.

Ergebnis-ValueSet für die voraussichtliche Empfindlichkeit: die aus genotypischen Nachweisen abgeleitete erwartete Kategorie sensibel, intermediär oder resistent.

CodeSystem für Ergebnisse der MRGN-Klassifikation, die sich nicht über LOINC abbilden lassen. Die LOINC-AnswerList LL6195-3 zu 99780-9 enthält ausschließlich 2MRGN, 3MRGN und 4MRGN und damit keinen Negativwert.

Untersuchungscodes (Observation.code) für die Bewertung eines nachgewiesenen Erregers hinsichtlich einer definierten Resistenzkategorie. Jeder Code benennt die bewertete Kategorie; das Ergebnis der Bewertung steht in Observation.value.

CodeSystem zur Kodierung von Normen für die Interpretation der Empfindlichkeit von Mikroorganismen gegenüber antimikrobiellen Substanzen.

Ungerichtete Erregeridentifizierung aus einer Probe, ausgewiesen als Reflex-Folgeuntersuchung der allgemeinen Kultur.

Ungerichtete kulturelle Anzucht mit Wachstumsnachweis, aerobe Kultur.

Ungerichtete kulturelle Anzucht ohne Wachstum mit dem methodenneutralen Untersuchungscode 41852-5: Erst die Methode weist die Untersuchung als Kultur aus.

Mikroskopischer Befund als morphologische Gruppe: grampositive Kokken in Haufen.

Grampräparat mit wenig grampositiven Kokken: die Morphologie als Ergebnis, die semiquantitative Menge als Komponente.

Quantitative Antikörperbestimmung im Serum am Beispiel der Hepatitis-B-Oberflächen-Antikörper.

Aviditätsbestimmung von CMV-IgG-Antikörpern; der Messwert bleibt in value, die Einordnung steht in interpretation.

Bartlett-Score einer Sputumprobe zur Beurteilung, ob sie für die Kultur geeignet ist.

Zyklusschwellenwert einer Echtzeit-PCR auf Influenza A H3.

Mikrobiologischer Befundbericht, der die zugehörigen Untersuchungen zusammenfasst.

Phänotypische Empfindlichkeitstestung mit MHK in mg/L; die Kategorie steht mit ihrer Norm in interpretation.

Phänotypische Empfindlichkeitstestung, bei der nur die Kategorie berichtet wird und kein Messwert vorliegt; die Norm steht an derselben Stelle wie die Kategorie.

Keimzahlbestimmung als koloniebildende Einheiten je Milliliter.

Keimzahl einer Katheterspitze in koloniebildenden Einheiten ohne Nenner. Die Bezugsgröße steht in Specimen.type.

Durchführendes mikrobiologisches Labor der Beispiele dieses Moduls.

MRGN-Klassifikation eines gramnegativen Isolats mit dem Ergebnis 2MRGN.

Identifiziertes gramnegatives Isolat, dessen Empfindlichkeitsbefunde bewertet wurden und das keiner MRGN-Klasse zuzuordnen ist.

Quantitative molekulare Erregerlast am Beispiel der CMV-DNA in Kopien je Milliliter.

Nugent-Score einer Vaginalprobe zur Beurteilung einer bakteriellen Vaginose.

Minimales Subject für die Beispiele dieses Moduls. Kein Profil, keine Demografie — Patient wird vom Personen-Modul verantwortet.

Generisches Probenmaterial für die Beispiele dieses Moduls. Der Typ ist bewusst unspezifisch, weil dieselbe Probe Beispiele unterschiedlicher Untersuchungsarten trägt.

Katheterspitze als Probenmaterial. Sie hat weder Volumen noch Masse und ist damit selbst die Bezugsgröße der Keimzahl.

Identifizierter Enterococcus ohne Vancomycinresistenz: VRE-Status Negative.

Identifizierter Enterococcus faecium mit nachgewiesener Vancomycinresistenz: VRE-Status Positive, abgeleitet aus Identifikation und Empfindlichkeitstestung.

Molekularer Nachweis einer Resistenzdeterminante mittels PCR.

Zielgerichteter molekularer Erregernachweis mit negativem Ergebnis.

Zielgerichteter molekularer Erregernachweis mit positivem Ergebnis, abgeleitet aus dem berichteten Ct-Wert.

Negativer VRE-Nachweis: Der Test auf vancomycinresistente Enterokokken ist negativ.

Zielgerichteter Nachweis eines vordefinierten Erregers, kulturell durchgeführt und hier positiv.

Negativer VRE-Nachweis mittels erregerspezifischer Kultur.

Auraminfärbung ohne Nachweis säurefester Stäbchen: der negative Fall der spezifischen Mikroskopie.

Kinyounfärbung mit Nachweis säurefester Stäbchen, in der Stufe zwei von drei als Mengenkomponente — entsprechend 1–10 pro Gesichtsfeld.

Leukozyten im Grampräparat nachgewiesen, mit der Menge als Zählung je Gesichtsfeld — 10 bis 25 — statt als semiquantitative Stufe.

Titerbestimmung als Verdünnungsverhältnis am Beispiel von Rötelnvirus-Antikörpern.

Nachweis eines Virulenzfaktor-Gens mit negativem Ergebnis.

Aus dem Genotyp abgeleitete erwartete Empfindlichkeit gegenüber Rifampicin.

Workflow-Kette VRE, Schritt 1: positiver VRE-Nachweis mittels erregerspezifischer Kultur.

Workflow-Kette VRE, Schritt 2: weiterführende Identifikation des Isolats als Enterococcus faecium, ausgelöst durch den positiven Nachweis.

Workflow-Kette VRE, Schritt 3: Vancomycin-Empfindlichkeitstestung des identifizierten Isolats mit dem Ergebnis resistent.

Gepinnte CodeSystem-Versionen, gegen die jedes ValueSet dieses Leitfadens expandiert wird.