INTERPOLAR
KDS Pipeline
Dieses Repository enthält Module der KDS (Kerndatensatz) Pipeline zur Verarbeitung von MII KDS FHIR Ressourcen mit dem Ziel Medikationsprobleme (MRP) zu erkennen. Es handelt sich um eine Referenzimplementierung und ist modular aufgebaut. Hierbei werden FHIR-Ressourcen vom KDS (Kerndatensatz) FHIR Store heruntergeladen, in eine Tabellenstruktur überführt und in eine Posgres-Datenbank geschrieben. In einen nächsten Schritt werden die Daten geprüft, harmonisiert und mit Hilfe von Algorithmen MRPs berechnet. Anschließend werden die Daten über ein AMTS-Cockpit (z.B. Redcap) auf einer Benutzeroberfläche sichtbar gemacht.
Module
Hier werden alle verwendeten Module aufgelistet. Detailliertere Beschreibungen befinden sich im jeweiligen Modul-Ordner.
R-etlutils
Dieser Ordner ist eine Sammlung von R Funktionen, die von allen R-Modulen des Gesamtprojektes gemeinsam genutzt werden.
R-kds2db
Dieses R-Modul dient zur Ausleitung Kerndatensatz-konformer Daten in eine Postgres-Datenbank.
docker-compose run --rm --no-deps r-env Rscript R-kds2db/StartRetrieval.R
R-db2frontend
Dieses R-Modul dient zur Übernahme von Daten aus eine Postgres-Datenbank in das Frontent (redcap). Damit dieses R-Script funktioniert, muss zuvor der Token für die REDCap-API in die Konfigurationsdatei R-db2frontend/db2frontend_config.toml eingetragen werden:
# REDCap API token
REDCAP_TOKEN = "Fill with your REDCap API token"
Den API Token finden Sie im importierten REDCap-Projekt unter: Abschnitt “Applications” im Menu am linken Rand -> API -> Reiter “My Token” -> Button “Create API token now”.
Anschließen können Sie die in der AMTS_DB für das Frontend verfügbaren Werte übernehmen:
docker-compose run --rm --no-deps r-env Rscript R-db2frontend/StartDB2Frontend.R
Frontend (redcap)
Austauschbar, aber Referenz mit REDCap …
REDCap-app
Dieses Verzeichnis enthält die REDCap Web-Anwendung inkl. Anweisungen zur Erzeugung der Leufzeitumgebung (Dockerfile). Weitere Anweisungen befinden sich in der REDCap-app/Readme.md
REDCap-db
Die REDCap-app benötigt eine Datenbank (mariadb), welche in diesem Verzeichnis definiert (Passwörter, Umgebundgvariablen, etc.) imd initialisiert (init/redcap.sql) wird. Weitere Anweisungen befinden sich in der REDCap-db/Readme.md
Installation
Folgende Anweisungen müssen ausgeführt werden, um die MRP-Pipeline zu verwenden: Install.md