Diese Implementierung setzt die Ausleitung KDS-konformer Daten von einem FHIR-Server in eine Postgres Datenbank um.
Der genaue Ablauf kann der Beschreibung zum Datenfluss im entsprechenden Abschnitt zum Modul “cds2db” entnommen werden. Es empfielt sich, zum Vertsändnis des Gesamtablaufes auch die anderen, insbesondere die vorhergehenden Kapitel der Datenflussbeschreibung zu lesen.
Wenn der Parameter ‘PATH_TO_PID_LIST_FILE’ nicht gesetzt ist, werden die relevanten Patienten-IDs aus den vom FHIR-Server heruntergeladenen Encountern extrahiert. Wenn der Parameter aber gesetzt ist, werden die Patienten-IDs aus der angegebenen Datei geladen (eine PID pro Zeile).
Es gibt eines Excel Datei Namens Table-Description, welche alle relevanten Ressourcen-Items enthält. Hier sind alle Ressourcen (z.B. Encounter, Patient, Observation, Condition, Medication) mit den dazugehörigen FHIR-Items hinterlegt. Diese Datei wird benötigt, um die vom FHIR-Server heruntergeladenen Ressourcen in flache Tabellen mit den relevanten Informationen zu überführen. Auch zu dieser Datei stehen wichtige Hinweise in der Datenflussbeschreibung.
Auf Grundlage der relevanten Patienten werden die FHIR-Ressourcen, unter Verwendung der definierten Table-Description, heruntergeladen. Aus den JSON-Struktur der heruntergeladenen Ressourcen entstehen in einen nächsten Schritt flache Tabellen auf Basis der Table-Description. Für diese Schritte wird das fhircrackr-Package verwendet.
Die flachen Tabellen werden in eine Postgres-Datenbank überführt, dazu wird eine Datenbankverbindung mit den angegebenen Anmeldeinformationen aus der config-Datei für die Datenbankverbindungen erstellt.