Beschreibung

Diese Erweiterung dient der strukturierten Beschreibung des Bearbeitungsstatus eines Dokuments innerhalb eines NLP-Projekts. Die Verarbeitung von Dokumenten mit unstrukturierter Information erfolgt typischerweise in einer Vielzahl aufeinanderfolgender Verarbeitungsschritte. Im Verlauf dieser Prozessketten entstehen unterschiedliche Transformationen des Originaldokuments sowie Relationen zwischen dem Ursprungsdokument und daraus abgeleiteten Zwischenprodukten.

Die NLP Extension stellt hierfür ein Codesystem bereit, mit dem die verschiedenen Bearbeitungszustände und Zwischenprodukte eines NLP-Workflows konsistent beschrieben und archiviert werden können.

Das Codesystem der NLP Extension ist hierarchisch aufgebaut und umfasst zwei Ebenen: Level 1 (Lvl 1) und Level 2 (Lvl 2). Lvl 1 beschreibt einen übergeordneten Prozessstatus, beispielsweise annotated. Lvl 2 dient der Spezifikation dieses Status. Ein Beispiel ist die Kombination Lvl 1: annotated, Lvl 2: deid, die anzeigt, dass ein Dokument mit de-identifizierenden Annotationen versehen wurde.

Die Nutzung beider Hierarchieebenen ist nicht verpflichtend. Abhängig vom jeweiligen Anwendungsszenario kann frei entschieden werden, ob nur der übergeordnete Status (Lvl 1) oder zusätzlich eine spezifische Ausdifferenzierung über Lvl 2 verwendet wird. Bitte beachten: wird eine Lvl 2 Spezifikation genutzt wie z.B. deid muss auch zwingend das dazugehörige Lvl 1 annotated verwendet werden. Andernfalls könnte deid als vollständig de-identifiziertes Dokument missverstanden werden.

Ein exemplarischer Anwendungsfall ist ein Dokument innerhalb eines Annotationsprojekts, das bereits aus einem Quellsystem extrahiert und anonymisiert wurde. Bis zum aktuellen Bearbeitungsstand können mehrere Verarbeitungsschritte erfolgt sein, beispielsweise:

• Transformation des Dateiformats von .pdf zu .txt (preprocessed – format-change)
• Entfernung von Dokumentheadern (preprocessed – content-change)
• maschinelle Vorannotation identifizierender Strukturen (annotated – preanno deid)
• anschließende manuelle Annotation dieser Strukturen (annotated – deid)
• irreversible Ersetzung aller identifizierenden Annotationen durch Surrogate (surrogated)

Die NLP Extension lässt bewusst Freiheitsgrade bei der Dokumentation solcher Prozessketten. Es ist möglich, sämtliche Verarbeitungsschritte eines Dokuments abzubilden. Alternativ kann sich die Beschreibung auf ausgewählte, für den jeweiligen Anwendungsfall wesentliche Bearbeitungszustände beschränken, beispielsweise ausschließlich auf den finalen Status surrogated.

Inhalt

Die technische Struktur dieser Extension — Differential, Key Elements, Snapshot sowie die XML- und JSON-Serialisierung — rendert der IG-Publisher unmittelbar unterhalb dieses Abschnitts auf dieser Artefakt-Seite. Dort stehen auch die Must-Support-Elemente mit ihren Kurzbeschreibungen und Hinweisen; Kanonische URL, Status, Version und Basisdefinition führt der Kopfbereich der Seite.

Die Codes des NLP-Verarbeitungsstatus definiert das CodeSystem MII CS Dokument NLP Processing Status mit seiner zweistufigen Hierarchie; gebunden wird die Extension über das ValueSet MII VS Dokument NLP Processing Status.

Beispiele

Das Beispielszenario zur NLP-Pipeline — Ablaufdiagramm, die Verarbeitungsschritte mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und die zugehörigen DocumentReference-, Patient- und Encounter-Ressourcen — steht auf der Seite Beispiele.

• Differential-Tabelle
• Snapshot-Tabelle
• Statistiken/Referenzen
• AlleAll

Diese Struktur ist abgeleitet von Extension

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints    Filter: Bindings Constraints Obligations
Extension		0..*	Extension	MII EX Dokument NLP Processing Status
extension		0..0		Extension
url		1..1	uri	"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/StructureDefinition/mii-ex-dokument-nlp-processing-status"
value[x]	S	1..1	CodeableConcept	NLP Processing Status
coding	S	1..*	Coding	Code defined by a terminology system Binding: MII VS Dokument NLP Processing Status (required)
system	S	1..1	uri	Identity of the terminology system Fixed Value: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/CodeSystem/mii-cs-dokument-nlp-processing-status
code	S	1..1	code	Symbol in syntax defined by the system
Documentation for this format

Terminology Bindings (Differential)

Path	Status	Usage	ValueSet	Version	Source
Extension.value[x].coding	Base	required	MII VS Dokument NLP Processing Status	📦2027.0.0-ballot.2	This IG

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints    Filter: Bindings Constraints Obligations
Extension		0..*	Extension	MII EX Dokument NLP Processing Status
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..0		Extension Slice: Unordered, Open by value:url
url		1..1	uri	"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/StructureDefinition/mii-ex-dokument-nlp-processing-status"
value[x]	S	1..1	CodeableConcept	NLP Processing Status
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	SΣ	1..*	Coding	Code defined by a terminology system Binding: MII VS Dokument NLP Processing Status (required)
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	SΣ	1..1	uri	Identity of the terminology system Fixed Value: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/CodeSystem/mii-cs-dokument-nlp-processing-status
version	Σ	0..1	string	Version of the system - if relevant
code	SΣ	1..1	code	Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	Plain text representation of the concept
Documentation for this format

Terminology Bindings

Path	Status	Usage	ValueSet	Version	Source
Extension.value[x].coding	Base	required	MII VS Dokument NLP Processing Status	📦2027.0.0-ballot.2	This IG

Constraints

Id	Grade	Path(s)	Description	Expression
ele-1	error	**ALL** elements	All FHIR elements must have a @value or children	hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1	error	**ALL** extensions	Must have either extensions or value[x], not both	extension.exists() != value.exists()

Differential-AnsichtDifferential View

Diese Struktur ist abgeleitet von Extension

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints    Filter: Bindings Constraints Obligations
Extension		0..*	Extension	MII EX Dokument NLP Processing Status
extension		0..0		Extension
url		1..1	uri	"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/StructureDefinition/mii-ex-dokument-nlp-processing-status"
value[x]	S	1..1	CodeableConcept	NLP Processing Status
coding	S	1..*	Coding	Code defined by a terminology system Binding: MII VS Dokument NLP Processing Status (required)
system	S	1..1	uri	Identity of the terminology system Fixed Value: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/CodeSystem/mii-cs-dokument-nlp-processing-status
code	S	1..1	code	Symbol in syntax defined by the system
Documentation for this format

Terminology Bindings (Differential)

Path	Status	Usage	ValueSet	Version	Source
Extension.value[x].coding	Base	required	MII VS Dokument NLP Processing Status	📦2027.0.0-ballot.2	This IG

Snapshot-Ansicht

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints    Filter: Bindings Constraints Obligations
Extension		0..*	Extension	MII EX Dokument NLP Processing Status
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..0		Extension Slice: Unordered, Open by value:url
url		1..1	uri	"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/StructureDefinition/mii-ex-dokument-nlp-processing-status"
value[x]	S	1..1	CodeableConcept	NLP Processing Status
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	SΣ	1..*	Coding	Code defined by a terminology system Binding: MII VS Dokument NLP Processing Status (required)
id		0..1	string	Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	SΣ	1..1	uri	Identity of the terminology system Fixed Value: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/CodeSystem/mii-cs-dokument-nlp-processing-status
version	Σ	0..1	string	Version of the system - if relevant
code	SΣ	1..1	code	Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	Plain text representation of the concept
Documentation for this format

Terminology Bindings

Path	Status	Usage	ValueSet	Version	Source
Extension.value[x].coding	Base	required	MII VS Dokument NLP Processing Status	📦2027.0.0-ballot.2	This IG

Constraints

Id	Grade	Path(s)	Description	Expression
ele-1	error	**ALL** elements	All FHIR elements must have a @value or children	hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1	error	**ALL** extensions	Must have either extensions or value[x], not both	extension.exists() != value.exists()

Diese Struktur ist abgeleitet von Extension

Summary

Simple Extension with the type CodeableConcept: Status der NLP-Verarbeitung des referenzierten Dokuments