This page is part of the MII IG Kerndatensatz-Modul Biobank (v2027.0.0-ballot: 2027 Ballot 1) based on FHIR (HL7® FHIR® Standard) R4. No current official version has been published yet. For a full list of available versions, see the Directory of published versions

Logical Models

The official version of the information model for the core data set module biospecimen data is available here as a FHIR logical model: MII LM Biobank

Note that the logical model aims purely at representing the data elements and their descriptions. The data types used are not to be regarded as binding — that is conclusively determined by the FHIR profiles. For every element within the logical model there is a mapping to an element of a concrete FHIR resource:

Dataset element	Description	FHIR mapping
Bioprobe	Details zu einer Bioprobe	Specimen
Bioprobe.Proben-ID	Einrichtungsinterner Identifier der Probe	Specimen.identifier
Bioprobe.Probenart	Art der Probe; SCT verpflichtend; Beschränkung auf Specimen ValueSet erwünscht.	Specimen.type
Bioprobe.Probenmenge	Probenmenge	Specimen.container.specimenQuantity
Bioprobe.Verfuegbarkeitsstatus	Status der Probe / des Materials hinsichtlich der Verfügbarkeit	Specimen.status
Bioprobe.Projektverwendung	Freitextangabe zur Verwendung der Probe in Projekten	Specimen.note
Bioprobe.SonstigeEigenschaften	Freitextangabe weiterer Probeneigenschaften	Specimen.note
Bioprobe.Entstanden-aus	Referenz auf Bioprobe	Specimen.parent
Bioprobe.FestgestellteDiagnose	Verweis auf eine Diagnose für die Material in der Probe enthalten ist	Specimen.extension[diagnose]
Bioprobe.gehoert-zu	Zuordnung der Probe zu einer Sammlung/Biobank	Specimen.extension[gehoertZu]
Bioprobe.Anzahl-Aliqouts	Anzahl der Aliqouts.	Specimen.extension[anzahlAliquots]
Bioprobe.Infektiositäts-Status	Markiert eine Probe als (potentiell) infektiös.	Specimen.extension[infektiositaetsstatus]
Bioprobe.Container	Probenbehältnis	Specimen.container
Bioprobe.Container.Containertyp	Typ des Containers	Specimen.container.type
Bioprobe.Container.Kapazitaet	Kapazität des Probencontainers	Specimen.container.capacity
Bioprobe.Container.VerwendungAdditiv	Ja/Nein Angabe, ob ein Zusatzstoff verwendet wurde	Specimen.container.additive
Bioprobe.Container.Additiv	Zusatzstoffe im Container	Specimen.container.additive
Bioprobe.Probenentnahme	Informationen zur Entnahme der Probe	Specimen.collection
Bioprobe.Probenentnahme.Entnahme-ID	Entnahme-ID	Specimen.collection.request
Bioprobe.Probenentnahme.EinstellungBlutversorgung	Zeitpunkt der Einstellung der Blutversorgung zur Probe. Kann zur Berechnung der warmen Ischaemiezeit verwendet werden.	Specimen.collection.extension[einstellungBlutversorgung]
Bioprobe.Probenentnahme.Entnahmezeitpunkt	Zeitpunkt der Ent- / Abnahme der Probe. Kann zur Berechnung der kalten Ischaemiezeit verwendet werden.	Specimen.collection.collected[x]
Bioprobe.Probenentnahme.Entnahmestelle	Lokalisation der Körperstelle, von der die Probe stammt	Specimen.collection.bodySite
Bioprobe.Probenentnahme.Nuechternstatus	Nüchterstatus des:der Patent:in zum Zeitpunkt der Entnahme der Probe. Muss aus dem http://terminology.hl7.org/ValueSet/v2-0916 stammen.	Specimen.collection.fastingStatusCodeableConcept
Bioprobe.Probenentnahme.NuechternstatusDauer	Zeitliche Dauer der Nüchternheit vor der Probenentnahme	Specimen.collection.fastingStatusDuration
Bioprobe.Verarbeitungsprozess	Prozedur der Probenbearbeitung	Specimen.processing
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Startzeitpunkt	Zeitpunkt des Beginns der Probenbearbeitung	Specimen.processing.timePeriod.start
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Endzeitpunkt	Zeitpunkt des Abschlusses der Probenbearbeitung	Specimen.processing.timePeriod.end
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Verarbeitungstyp	Prozedur der Probenbearbeitung	Specimen.processing.procedure
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Temperatur	Temperatur bei der die Probenverarbeitung stattfand. Angabe exakt oder in Wertebereichen (siehe SPREC)	Specimen.processing.extension[temperaturbedingungen]
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Modus	Abhängig vom Verarbeitungstyp - bei Zentrifugation SPREC	Specimen.processing.procedure
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.VerwendungAdditive	Ja/Nein Angabe, ob ein Zusatzstoff verwendet wurde	Specimen.processing.additive
Bioprobe.Verarbeitungsprozess.Additiv	Additive bei der Probenbearbeitung wie Fixationsmittel; Einbettungs- und Eindeckungsmedien	Specimen.processing.additive
Bioprobe.Lagerprozess	Lagerung einer Probe	Specimen.processing[lagerprozess]
Bioprobe.Lagerprozess.Einlagerungszeitpunkt	Zeitpunkt des Beginns der Einlagerung der Probe	Specimen.processing[lagerprozess].timePeriod.start
Bioprobe.Lagerprozess.Auslagerungspunkt	Zeitpunkt des Endes der Einlagerung der Probe	Specimen.processing[lagerprozess].timePeriod.end
Bioprobe.Lagerprozess.Lagerungsbedingungen	Temperaturbereich in dem die Probe gelagert wurde bzw. wird. Angabe in Wertebereichen wie in SPREC	Specimen.processing[lagerprozess].extension[temperaturbedingungen]
Bioprobe.Laborbefund	Referenz auf den zu einer Probe gehörenden Laborbefund
Bioprobe.Pathologiebefund	Referenz auf den zu einer Probe gehörenden Pathologiebefund
Bioprobe.Zelllinie_Organoid	Beschreibung einer Zelllinie/eines Organoides. Alle Attribute der Bioprobe sind hier ebenfalls anwendbar.	Specimen
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Phaenotyp-Diagnose	Phänotyp oder Diagnose der Zelllinie / des Organoids, wenn nicht patientenbezogen angebbar.	Specimen.extension[diagnose] / https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-klassifikation
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Karyotyp	Karyotyp der Zelllinie/Organoids.	Observation(https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/mii-pr-biobank-observation-karyotyp)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Morphologie	Morphologie der Zelllinie/Organoids.	Observation(https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/mii-pr-biobank-observation-morphologie)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Mutationen	Mögliche Mutationen der Zelllinie/Organoids.	Observation(Modul MolGen)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Wachstumstyp	Wachstumstyp der Zelllinie/Organoids.	Observation(https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/mii-pr-biobank-observation-wachstumstyp)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Zellproliferation	Art der Zellproliferation der Zelllinie/Organoids.	Observation(https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/mii-pr-biobank-observation-proliferation)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Passage	Anzahl der Passagen.	Specimen.extension[anzahlPassagen]
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Modifikationen	Optional: Vorgenommene Modifikationen.	Specimen.extension[modifikationen]
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Qualitaetspruefung	Z.B. Viabilität, Test auf Mykoplasmen, Wiederauftaubarkeit / Wiederinkulturnahme.	Observation(https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/mii-pr-biobank-observation-qualitaetspruefung)
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Protokoll-Kultur	Kulturprotokoll der Zelllinie/Organoids.	Specimen.extension[kulturprotokoll]
Bioprobe.Zelllinie_Organoid.Kulturbedigungen	Kulturbedingungen der Zelllinie/Organoids.	Observation
Probensammlung-Biobank	Organisation, die Proben verwaltet	Biobank
Probensammlung-Biobank.Kontakt	Kontaktinformationen einer Sammlung/Biobank für Anfragen zu Bioproben	Biobank.contact
Probensammlung-Biobank.Kontakt.Vorname	Vorname der Ansprechperson	Biobank.contact.given
Probensammlung-Biobank.Kontakt.Nachname	Nachname der Ansprechperson	Biobank.contact.family
Probensammlung-Biobank.Kontakt.E-Mail	E-Mailadresse für Anfragen	Biobank.contact.telecom[email]
Probensammlung-Biobank.Kontakt.Rolle	Rolle der Ansprechperson in der Sammlung/Biobank	Biobank.contact.extension[rolle]
Probensammlung-Biobank.Kontakt.Adresse	Kontaktadresse für Forschungsvorhaben	Biobank.contact.address
Probensammlung-Biobank.Sammlungs-ID	Interner Identifer der Sammlung/Biobank	Biobank.identifier
Probensammlung-Biobank.BBMRI-ERIC-ID	Identifier der Sammlung/Biobank im BBMRI ERIC Netzwerk	Biobank.identifier[bbmri-eric-id]
Probensammlung-Biobank.Akronym	Akronym der Sammlung/Biobank	Biobank.alias
Probensammlung-Biobank.Name	Name der Sammlung/Biobank	Biobank.name
Probensammlung-Biobank.Beschreibung	Beschreibung der Sammlung/Biobank	Biobank.extension[beschreibung]
Probensammlung-Biobank.Sammlungstyp	Typ der Sammlung/Biobank gemäß BBMRI ERIC Directory Werteliste	Biobank.extension[collectionSetting] / Biobank.extension[collectionDesign]
Probensammlung-Biobank.besteht-aus	Verknüpfung der Teilsammlungen	Biobank.partOf

Further specimen properties

In some cases it may be necessary to record further properties of a specimen, such as cell counts. The current version of the module makes no stipulations for this in the form of FHIR profiles, but modelling via the FHIR Observation resource is recommended. The specimen can be referenced in the focus field. SNOMED codes such as *118218001

Cell count (procedure)

* can be used as codes. Future versions of this module may make further stipulations in this regard.