MII IG Kerndatensatz-Modul Biobank
2027.0.0-ballot -
Germany
MII IG Kerndatensatz-Modul Biobank
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This page is part of the MII IG Kerndatensatz-Modul Biobank (v2027.0.0-ballot: 2027 Ballot 1) based on FHIR (HL7® FHIR® Standard) R4. No current official version has been published yet. For a full list of available versions, see the Directory of published versions
Bioproben werden sowohl in klinischen als auch in populationsbezogenen Biobanken gesammelt, aufbereitet und gelagert, um hochwertige Proben für wissenschaftliche Projekte zur Verfügung stellen zu können.
Sowohl die unterschiedlichen Sammlungen in einer Biobank als auch die individuellen Proben müssen für das bessere Auffinden von Proben und deren sinnvolle Verwendung strukturiert beschrieben werden. Relevante Merkmale zu einer Probensammlung umfassen unter anderem die abgedeckten Krankheitsbilder, Probentypen und Zugangswege zu den Proben und zugehörigen Daten.
Probenspezifische Daten sollten Angaben zu Probentyp, Probenmaterial, Menge, Gewinnung, präanalytischer Verarbeitung und Lagerung enthalten. Klinische Daten zur Probe werden ausdrücklich nicht von diesem Modul abgedeckt, sondern sollen über die für die jeweilige Datenart vorgesehenen Module bereitgestellt werden.
Dieses Modul ist mit den Modulen Pathologie-Befund, Molekulargenetischer Befundbericht, Onkologie und Laborbefund verknüpft, wenn Proben für weitere Untersuchungen in der Biobank aufbewahrt werden.
Außerdem wird das Modul Person genutzt, um Patientendaten zu erfassen, sowie das Modul Diagnose, um die Indikation einer Entnahme oder Diagnoseinformationen zu einer Probe darzustellen.
Ein guter Startpunkt, um einen Überblick über die technischen Vorgaben zu erlangen, ist die Seite Profile.
In diesem Abschnitt wird erklärt, wie bestimmte Begriffe im Kontext dieses Implementation Guide verwendet werden. Die Definitionen spiegeln den Konsens des Modulteams wider, werden aber u.U. von einzelnen Standorten oder anderen Gruppen anders verwendet.
Auch Stammprobe oder Masterprobe genannt. Bezeichnet die Probe, wie sie von dem Donor / der Donorin entnommen wurde – vor ihrer Verarbeitung.
Hinweis: In einigen Kontexten wird die Aliquotgruppe auch Masterprobe genannt. Im Kontext der Medizininformatik-Initiative bezeichnet eine Masterprobe aber eine Primärprobe.
Eine Zusammenfassung aller Aliquote gleichen Probentyps, die von der gleichen, möglicherweise bereits verarbeiteten Primärprobe abstammen.
Proben, die sich in Probentyp oder Primärprobe unterscheiden, werden als verschiedene Aliquotgruppen gezählt.
Bei Machbarkeitsanfragen empfiehlt es sich, die Aliquotgruppen zu zählen, nicht alle einzelnen Aliquote. Eine Aliquotgruppe zählt als verfügbar, solange mindestens ein Aliquot verfügbar ist. Werden direkt Primärproben eingefroren (z.B. PAX), sollen diese zusätzlich auch als Aliquotgruppe markiert werden, damit sie bei Machbarkeitsanfragen ebenfalls gezählt werden können.
Eine Probe, von der es identische Geschwisterproben gibt, die zur gleichen Gruppe gehören. Wenn ein Aliquot noch einmal aufgeteilt wird, bleiben beide Aliquote Teil der bestehenden Aliquotgruppe. Eine neue Gruppe entsteht erst, wenn der Prozess wiederholt wird.
Ein Beispiel dieser Strukturierung von Proben ist hier dargestellt:
Abbildung i.d.R. als Aliquotgruppe mit ein bis x Aliquots.
Der SPREC 4.0 (Standard PREanalytical Code) wurde entwickelt, um ein umfassendes und einfach zu implementierendes Werkzeug zur Dokumentation der präanalytischen Sammlung, Verarbeitung und Lagerung von Bioproben bereitzustellen. SPREC unterscheidet zwischen Gewebe- und Flüssigproben und hat sieben Stellen. Die Informationen zu diesen Stellen finden sich im Modul wieder. Es werden nicht direkt die SPREC-Werte genutzt, sondern es soll ein Mapping nach SNOMED CT erfolgen. Weitere Informationen dazu finden sich im Abschnitt Terminologien.
Der MIABIS (Minimum Information About BIobank data Sharing) 3.0 Core und die Sample, Donor and Event Extension wurden für dieses Modul insbesondere bei der Konzeption der Sammlung/Biobank herangezogen und einige Attribute auch direkt dort umgesetzt. Für den Typ der Sammlung werden direkt die MIABIS-Ausprägungen genutzt, siehe Terminologien. Dabei ist zu beachten, dass MIABIS 3.0 explizit zwischen Biobanks, Collections und Research Resources unterscheidet, die in diesem Modul alle unter die Kategorie Sammlung/Biobank fallen.
BBMRI-ERIC ist eine europäische Forschungsinfrastruktur für Biobanking. Sie bringt alle wichtigen Akteure aus dem Bereich Biobanking zusammen – Forschende, Biobanker, Industrie und Patienten –, um die biomedizinische Forschung zu fördern. Zu diesem Zweck bietet sie unter anderem eine Reihe von Online-Tools und Software-Lösungen für Biobanker und Forschende, mit dem Ziel, neue Therapien zu ermöglichen. Unter anderem werden das BBMRI-Directory und der diesem zugrunde liegende MIABIS-Standard von BBMRI-ERIC koordiniert.
Das German Biobank Network (GBN) bietet der deutschen Biobanken-Community eine zentrale Kooperationsplattform und vertritt deutsche Interessen im europäischen Biobankennetzwerk BBMRI-ERIC. Seit Juli 2025 ist es zudem als zentrale Infrastruktur für das Biobanking in der Universitätsmedizin im Netzwerk Universitätsmedizin (NUM) verankert. Mit seinem Engagement für das Biobanking trägt GBN zum wissenschaftlichen Fortschritt auf dem Weg zur Präzisionsmedizin bei. Eine Entwicklung des GBN ist der Sample Locator, der eine FHIR-basierte Probensuche ermöglicht. Bei der Erstellung des Moduls sind die Vorarbeiten aus diesem Projekt eingeflossen.